A história dessa igreja começa em 1556, quando foi construída uma capela para Nossa Senhora da Conceição por iniciativa do Padre Lourenço Braz. Ela foi erguida ao pés do Mestre Álvaro, próximo ao Rio Santa Maria. Não tinha torres, contava com paredes de alvenaria de pedra argamassada. Contudo, nesse local, mais de 200 anos depois, houve um surto de impaludismo. Por isso, uma nova capela teve que ser erguida no século XVII.
